Методът за почистване на ПХБ трябва да бъде избран по подходящ начин въз основа на вида на замърсяването и сценария на употреба; един-размер-подходящ-подход не е възможен. За рутинно почистване след производство или ремонт, най-често срещаният метод е избърсване с безводен спирт или специализирани почистващи препарати за електроника. Тези разтворители се изпаряват бързо и оставят малко остатъци, което ги прави подходящи за отстраняване на остатъци от флюс, леки маслени петна и прах. По време на работа обикновено се използва кърпа без мъх или мека четка за внимателно избърсване по посока на линиите на веригата, като се избягва прекомерна сила, която може да разхлаби компонентите или да повреди спойките. За зони със силно локализирано замърсяване може да се използва метод-до-точково почистване, като проблемът се решава постепенно, вместо многократно изтриване на големи площи.
Ако върху печатната платка има упорити замърсители, като натрупване на колофон, петна от индустриално масло или остатъци, образувани от дългосрочно-окисляване, може да се обмисли ултразвуково почистване. Този метод включва потапяне на печатната платка в специализиран почистващ разтвор, при който кавитационният ефект, генериран от високо-честотни вибрации, изхвърля замърсителите от малки пукнатини, което води до по-задълбочено почистване от ръчните методи. Въпреки това е изключително важно да се контролира времето за почистване и течната формула, за да се избегне повреда на чувствителни компоненти (като конектори, релета и микрофони). След почистване е важно да се подсуши добре; в противен случай остатъчната влага може да причини късо съединение или корозия.
